국가보안법은 표현의 자유, 양심의 자유, 언론출판의 자유, 학문예술의 자유를 침해하고, 평화통일을 추구하는 헌법에 위배되는 위헌적인 법률일 뿐만 아니라, 유엔 인권기구가 세계인권선언과 국제인권조약에 부합하지 않는다는 이유로 이미 십 수 년 전부터 그 폐지를 권고해온 법률이기도 하다.
수십 년간 인간의 의식을 지배하는 냉전체제의 산물이자 강력한 이데올로기로 군림해 왔던 국가보안법에 대해서는 끊임없는 문제 제기가 이루어져 왔고 일정한 정치적, 사회적 변화에 의해 2004년 국회에 국가보안법 폐지 법률안이 상정되기도 했다. 또한, 민주주의의 진전에 따라 국가보안법의 남용은 억제되었고, 국가보안법이 북한관련 문제에만 제한적으로 적용되는 경향을 보여주기도 했다. 그러나 이명박 정부가 들어선 2008년 이후 국가보안법 사건 수는 눈에 띄게 증가하고 있다. 시대가 거꾸로 가고 있고, 인권의 시계도 거꾸로 흐르고 있다. 국가보안법은 부활하였다.

국제인권규범 중 시민적·정치적 권리에 관한 국제규약 제19조의 의견과 표현의 자유 및 그 제한과 관련하여, 유엔 자유권위원회(Human Rights Committee)가 채택한 일반논평 34는 다음과 같은 해석을 하고 있다.

한편 ‘국가안보와 표현의 자유 및 정보접근에 관한 요하네스버그 원칙’은 “국가안보를 이유로 하는 표현과 정보의 자유에 대한 어떠한 규제도 정부가 그 규제가 실정법에 명문화되어 있고 민주사회에서 정당한 국가안보이익을 보호하기 위해 필요하다는 점을 제시하지 못하는 한 과해질 수 없다. 규제의 유효성에 대한 입증책임은 정부에 있다”고 밝히고 있다.
위와 같은 국제인권규범과 일반논평에 비추어볼 때, 국가보안법은 세계인권선언과 국제인권규약, 요하네스버그 원칙 등에 위배된다.

2006년 자유권위원회(Human Rights Committee)의 최종견해(CCPR/C/KOR/CO/3/CRP.1, 2006.10.31.)에서는 국가보안법 제7조의 적용을 지속하고 있는 데 대해 우려를 표명하였고, 2008년 UPR 한국정부 보고서(A/HRC/8/40, 2008.5.29.)에서 국가보안법을 단계적으로 또는 즉각 폐지할 것을 계속해서 권고했다.
2011년 유엔 표현의 자유 특별보고관 프랑크 라 뤼의 대한민국 보고서(A/HRC/17/27/Add.2, 2011.3.21.)에는 특히 국가보안법 제7조가 표현의 자유를 광범위하게 침해하고 있음을 분명하게 지적하고 있다.

그리고 같은 해 9월 한국의 대표적 형사법 관련 학회인 한국형사법학회, 한국형사정책학회, 한국비교형사법학회에서 국가보안법 폐지를 촉구하는 공식 입장을 밝히기도 했다.
그 이후 국가보안법 위반자수는 감소해 왔으나 2008년 이명박 정권 출범 이후 국가보안법 위반 사건 수가 늘어나고 있어 그 적용이 확장되고 있음을 보여주고 있다.

사이버 공간상에서 친북 활동을 하다 사법처벌 된 사례는 2010년 82건으로 집계되어 3년 전인 2007년의 5건보다 16배 수준으로 급증했다. 국가보안법 위반으로 접속 차단 조치된 사이트의 수는 2008년 2건이었지만 2009년 10건, 2010년 51건으로 늘었으며 2011년에는 대폭 증가해 7월까지 139건으로 증가했다. 2011년 방송통신심의위원회가 국가보안법 위반 내용으로 심의한 온라인 정보는 872건이었으며 이 중 1건을 제외한 871건에 대해 시정요구 결정이 내려졌다. 99.9%의 인용률이다.

경찰은 사방사 사이트에 글을 올린 70여 명의 네티즌들을 무더기로 수사하고 있다. 거기에 게재된 글들이 어찌하여 대한민국의 자유민주적 기본질서를 위태롭게 하는 것인지에 대해서는 아무런 입증도 없는 상태에서 경찰 등 공안기관들은 글의 내용이 북한의 주장과 동일하다는 이유만으로 그러한 표현물을 규제하고 수사하고 있다. 2010년에 경찰이 친북게시글이라는 이유로 인터넷상의 해당 사이트에 삭제요청을 하거나 방송통신심의위원회에 삭제요청을 한 건수는 무려 8만 449건에 달한다. 2011년 10월까지의 삭제요청 건수도 6만 7269건에 이른다. 2008년에 1,793건의 삭제요청이 있었던 것에 비하면 엄청난 사이버 사찰이 자행되고 있는 셈이다. 최근 북한사이트의 글을 리트윗했다는 혐의로 SNS 사용자 박정근 씨는 국가보안법 위반으로 구속기소되었다. 박정근 씨는 SNS를 통해 농담 삼아 “김정일 장군 만세”라고 게재한 것에 대해 조사받았고, 2012년 1월 11일 구속되었다. 이른바 ‘막걸리 보안법’의 부활이다. 미국의 언론 NPR은 보도를 통해 현재 한국에서의 국가보안법 탄압상황을 ‘신공안탄압’이라며 ‘낡은 법’으로 매카시즘을 일으키고 있다고 표현하였다.

국가보안법 제7조는 헌법재판소의 한정합헌결정에 따라 그 남용을 억제하고자 1991년 “국가의 존립·안전이나 자유민주적 기본질서를 위태롭게 한다는 정을 알면서”라는 문구를 삽입하는 것으로 개정된 바 있다. 그러나 이명박 정부 들어서 그 의미는 완전히 무너지고 있으며, 헌법적 기본권인 표현의 자유와 사상·양심의 자유를 변함없이 침해하고 있음을 확인할 수 있다.

국가안보와 표현의 자유 및 정보접근에 관한 요하네스버그 원칙은 <원칙 2: 정당한 국가안보이익>에서 “특히 국가안보를 이유로 정당화하려는 규제는 그 순수한 의도와 명시적 효과가, 예컨대 정치적 위기나 부정에 대한 폭로로부터 정부를 두둔하려거나 특정한 이데올로기를 옹호하려거나, 국가 공공기관의 기능에 대한 정보를 은폐하려거나, 노동운동을 탄압하는 것과 같이 국가안보와 무관한 이익을 보장하기 위한 것일 경우에는 정당화되지 아니한다”고 밝힌 바 있다. 마찬가지로 어떤 주장의 내용이나 그 사람의 행동에서 드러난 의견이나 사상이 그 자체로 국가의 존립·안전이나 자유민주적 기본질서에 반하지 않음에도 불구하고 단지 그 주장이나 의견이 북한 등 반국가단체가 주장하는 것과 같은 내용이라 하여 이적단체나 이적표현물로 단죄하는 것은, 드러나지 않은 내면의 사상을 자의적으로 추단하고 단죄하는 것에 다름 아니다.

공안당국의 국가보안법 수사형태를 보면, 수사할 때는 조직사건으로 거창하게 포장해 놓고는 정작 이적표현물죄 정도로만 기소하는 경우도 있고 재판 과정에서 공안당국의 기소 내용이 무죄가 되는 경우도 허다하다. 국가보안법 적용의 용두사미라고 해야 할 정도이다. ‘자본주의연구회’(2011년) 사건의 예를 보면 공안당국은 대학생들의 학술연구단체를 이적단체라고 하여 처음에는 이적단체 구성혐의로 압수수색영장 및 체포영장을 발부받았지만, 정작 이적단체 구성혐의에 대해서는 계속 수사 중이라고 발뺌하면서 이적표현물죄로만 기소하였다. 한국진보연대 사건(2008년)의 예를 보면 검찰은 한국진보연대에 대해 이적단체 구성 혐의를 염두에 두고 한국진보연대 활동가 10여 명에 체포영장을 신청하였지만, 재판부는 이를 받아들이지 않고 3인에 대해서만 영장을 발부하였으며 검찰 또한 기소 시 이적단체 구성에 대해서는 언급조차 하지 않았다. 재판 결과(항소심까지) 검찰 기소 내용의 핵심이었던 잠입탈출, 회합통신의 죄의 부분에 모두 무죄가 선고되었다. 청학연대 사건의 경우(2011년)에는 한번 기각된 구속영장을 6개월이 지난 후 다시 청구하여 성원 2인을 구속했지만, 1심 재판부가 직권으로 보석을 결정하여 현재 불구속 재판 중이다. 범민련 사건의 경우에는 국가정보원이 통신비밀보호법을 악용하여 2년 8개월 동안 감청한 것으로 밝혀졌다. 기무사의 민간인 사찰 사건도 발생하였다. 2011년 기무사 간부 2명이 국가보안법 전력이 있는 조선대 K 교수의 이메일을 해킹한 사실이 드러났다.

왕재산 사건(2011년)의 경우는 무차별 공안탄압의 대표적 사례이다. 2011년 8월 국정원은 인천지역에 거주하는 김00 등 5명을 반국가단체 구성 혐의로 구속기소하였다. 소위 ‘왕재산’ 사건이다. 이들에게 적용된 주된 혐의는 북한의 지령에 따라 인천지역을 혁명의 전략적 거점으로 삼아 왕재산이라는 지하혁명조직을 결성하여 인천의 방송국 등 주요시설 및 군부대를 장악할 계획을 세웠다는 것이다. 겨우 5명 정도가 군부대 폭파와 같은 폭력혁명을 위해 반국가단체를 결성했다는 것은 상식적으로나 법리적으로나 도무지 납득하기 어렵다. 그럼에도 국가정보원은 120명 이상의 시민에 대하여 강압적인 소환조사를 자행하고 있다. 참고인조사를 한다고 집요하게 전화하고 문자메시지를 보내는가 하면 집 근처에 있다면서 만나자고 하기도 하고 조사에 불응하면 강제구인하겠다고 협박하기도 한다. 국정원은 이미 1년여 전부터 이 사건에 대한 수사를 진행한 것으로 보이지만 일단 5명을 반국가단체구성 혐의로 기소해 놓고, 인제 와서 하부조직을 밝혀낸다는 이유로 저인망수사를 통해 무차별적인 소환조사와 협박수사를 하고 있다. 왜곡된 언론보도, 국정원의 무리한 수사, 검찰의 무분별한 압수수색에도 불구하고 왕재산 사건의 1심 재판 결과(2012.2.) 반국가단체 혐의에 대해 무죄가 판결되었다.

국가보안법 사건에 대한 공안당국의 대대적인 수사는 악화된 남북관계를 기반으로 북한에 대한 적대감을 고조시키면서 특히 선거 국면에서 악용되고 있다. 실제로 서울시장 보궐선거운동기간 중이던 2011년 10월 21일 차명진 한나라당 의원은 “종북조종사, 종북변호사, 종북공무원이 도처에 널려있다. 이제 종북시장까지 허할 건가”라고 박원순 야권단일 후보에 대해 색깔공세를 펼쳤다. 홍준표 당 대표 역시 ‘북한도 박원순을 서울시장으로 만들기 위해 매체를 통해 찬양하고 있지 않느냐’, ‘북한과 박원순은 말 안 해도 통해’라는 등의 발언으로 색깔공세에 가세했다.

국가보안법 적용은 악화된 남북관계를 빌미로 하여 오늘의 적법이 내일의 위법으로 규정되면서 법적용의 예측 가능성, 형평성을 침해함으로써 법치주의의 근간을 흔들고 있으며, 검찰총장이 나서서 종북좌파척결을 언급하는 등 매카시즘으로 활용되어 선거기간 특정세력에 유리한 환경을 조성하는데 일조하면서 민주주의를 훼손하고 있다. 국가보안법이 국가안보를 지키는 법인지 정권안보 또는 특정세력을 지지하는 법인지에 대한 의구심이 들 수밖에 없다.

2010년 9월 조선노동당은 대표자회의에서 1980년 당규약 서문을 수정하였다. 수정된 당규약의 내용을 보면 “조선노동당의 당면 목적은 공화국 북반부에서 사회주의 강성대국을 건설하며, 전국적 범위에서 민족해방과 민주주의 혁명과업을 수행하는 데 있으며 최종목적은 온 사회를 주체사상화와 인민대중의 자주성을 완전히 실현하는 데 있다”이다. ‘사회주의 완전한 승리’는 ‘사회주의 강성대국 건설’로, ‘인민민주주의혁명 과업’은 ‘민주주의혁명 과업’으로, ‘공산주의 사회 건설’은 ‘인민 대중의 자주성 실현’으로 바뀐 것이다. 사법부가 그토록 문제 삼던 부분이 북한의 당규약 수정에서 나타났지만, 여전히 국가보안법 판결은 변함이 없다. 이러한 변화에 대해 “그들 내부에 뚜렷한 민주적 변화도 보이지 않고 있다”며 반국가단체성을 고수하고 있다. 판결에서 말하는 ‘북한의 민주적 변화’라는 것은 결국 북측 정권의 붕괴 또는 자본주의적 개혁, 개방 등을 의미한다고 볼 수밖에 없는데 이는 북한이 어떻게 바뀌든 상관없이 무조건 적대, 대결해야 한다는 것이나 다름없다. 이는 1972년의 “7·4 남북공동성명”과 1991년의 “남북기본합의서”, 그리고 2000년의 “6·15 남북공동선언”과 2007년의 “남북 10·4 선언” 등 남북의 각종 합의에 모두 반하는 것이며 조국의 평화적 통일이라는 헌법정신에 위배된다. 북한은 조국의 평화적 통일을 위한 대화와 협력의 동반자라는 인식하에 남북한체제가 공존하면서 평화적으로 통일할 수 있는 방안을 찾아야 하며 통일의 상대로 인정하는 정치가 확립되기 위해 남북이 서로 적대시하는 법제가 상호 동시에 청산될 수 있도록 노력해야 한다. 국가보안법 폐지는 그 시작이다.

2010년 3월 26일 천안함이 서해 상에서 침몰하여 장병 46명이 숨진 사건이 발생하였다. 정부는 5월 20일 북한의 잠수정이 발사한 어뢰의 수중폭발로 침몰하였다는 조사결과를 발표하였다. 김용옥 교수는 정부의 천안함 발표는 믿을 수 없다고 말하였고 소위 보수단체들은 그를 국가보안법 위반혐의로 고발하였다. <참여연대>와 <평화와통일을여는사람들> 또한 국가보안법 위반혐의로 고발당하였다.
사회주의노동자연합사건(2008년)은 이 단체가 북한에 대한 비판적인 입장을 견지했다는 점에서 반국가단체인 북한을 전제로 한 국가보안법 제7조가 적용될 것이냐가 첨예한 쟁점이었으나 1심과 2심에서 모두 유죄선고가 내려졌다. 이 판결은 지난 1991년 국가보안법 개정 시에 제7조 제3항의 이적단체가 북한 등 이른바 반국가단체를 전제로 하는 것으로 개정되었다는 점을 도외시한 채 국가보안법의 적용범위를 부당하게 넓히고 있다.

이적표현물의 범위도 확대되고 있다. 2008년 국방부는 <나쁜 사마리안인들>(장하준)이 포함된 23권의 서적을 불온서적으로 지정하였다. 법원이 <공산당선언>, <철학에세이>, <자본론>, <칼 맑스-프리디리히 엥겔스 저작선집> 등을 국가보안법상 이적표현물로 판시한 것이다. 또한, 검찰은 <다시 쓰는 한국현대사>, <프랑스혁명연구>, <자본론>, <해방전후사의 인식> 등의 책을 이적표현물로 기소하였다.

국가보안법의 확대적용은 국가보안법적 사고방식의 확대적용, 유사국가보안법적 법제로까지 이어지고 있다. 테러방지법, 사이버 위기관리법 등 국가보안법과 유사한 법제가 추진되고 있을 뿐 아니라 SNS 심의법을 통해 SNS를 감시 통제하려는 것도 국가보안법적 사고방식에 기인한다.
위에서 살펴본 사례들은 국가보안법이 존재하는 한 자의적으로 해석할 여지가 사라지지 않고 언제든지 표현의 자유와 민주주의를 훼손할 수 있음을 그대로 보여주고 있다. 따라서 국가보안법의 폐지가 아닌 개정으로는 문제가 근본적으로 해결되지 않는다는 것을 잊지 말아야한다.